Роспотребнадзор сообщил, что в Национальную базу данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 загружено 40 383 геномных последовательностей. В том числе более 19 000 полногеномных последовательностей и свыше 21 000 фрагментов генома S-белка (участок, позволяющий определять наиболее важные мутации). В международную базу данных GISAID загружено только 9,5 тыс. полных геномов SARS-CoV-2 из России.
Такое существенное расширение российской базы данных стало возможным, благодаря активному участию в программе научных учреждений Роспотребнадзора, в первую очередь, ЦНИИ эпидемиологии, ГНЦ ВБ «Вектор», ГНЦ прикладной микробиологии и биотехнологии, НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Пастера, НИПЧИ «Микроб» и др.
Регулярное пополнение Национальной базы данных позволяет вести обширный мониторинг эпидемиологической ситуации в России, отслеживать появление новых геновариантов, контролировать их распространение и делать прогнозы на будущее. Кроме того, данные, загруженные российской базой в международную базу GISAID, служат основой для изучения геновариантов, циркулирующих в России, учеными всего мира и, таким образом, дают более полное представление об эпидемиологической ситуации в нашей стране.
Сотрудниками ЦНИИ эпидемиологии был разработан алгоритм PARuS для анализа геномных последовательностей SARS-CoV-2. Он предназначен для коррекции и валидации результатов анализа, полученных с помощью международных классификаторов. В частности, применяемый во всем мире для классификации SARS-CoV-2 классификатор Pangolin в последнее время отличается нестабильностью в работе, это периодически приводит к ошибочной интерпретации данных секвенирования, что вызывает затруднения в динамических условиях меняющейся реальности, во время пандемии. PARuS позволяет производить классификацию по фрагменту S-белка, содержащему информацию о ключевых мутациях, характерных для генетических вариантов SARS-CoV-2, которые, согласно ВОЗ, подлежат специальному мониторингу.
Напомним, что Национальная база данных геномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 была зарегистрирована в начале июня во исполнение Постановления №448 Правительства РФ. Ее разработчиком и консолидирующим центром стал ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора.
